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Les marais de Guin ont subi d’importantes perturbations au cours du XXe siècle. La tourbe de ces marais, qui a mis plusieurs milliers d’années à se former, fut exploitée de manière intensive pendant la Deuxième Guerre mondiale pour pallier le manque de charbon. Il en a résulté l’apparition de plusieurs plans d'eau et la colonisation du milieu par des arbres et arbustes. Dans les années 70, l’utilisation d’une partie des marais comme décharge et pour l’élevage de poissons, ainsi que la construction de l’autoroute A12 eurent également de gros impacts sur ce milieu naturel.
Afin d'assurer la conservation de ce milieu humide exceptionnel et des nombreuses espèces végétales et animales qui en dépendent, les marais de Guin sont protégés depuis 1975. La commission de gestion des marais, dans laquelle siège Pro Natura, planifie en collaboration avec le Service de la nature et du paysage des mesures d'entretien ciblées et les aménagements nécessaires. Ces mesures visent à garantir la préservation du milieu naturel tout en maintenant l'attrait du site pour le public.